Que sont les entérocoques intestinaux ?

Les entérocoques appartiennent au genre bactérien Enterococcus. Ce sont des bactéries arrondies à Gram positif, observées isolément, par paires ou en courtes chaînes. Elles font partie de la flore intestinale normale de nombreux humains et animaux.

Les classifications ont évolué. Ces bactéries étaient autrefois rattachées aux streptocoques du groupe D et sont encore parfois désignées par les termes streptocoques fécaux, entérocoques fécaux ou entérocoques intestinaux. Dans les documents consacrés à l’eau, ces expressions peuvent être proches, mais il faut reprendre la terminologie exacte du texte réglementaire ou de la méthode utilisée.

Quelles espèces appartiennent au groupe des entérocoques ?

Le genre Enterococcus comprend de nombreuses espèces. Les espèces Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium sont parmi les plus fréquemment retrouvées dans les matières fécales humaines et animales, les eaux usées et certaines eaux contaminées.

Une analyse réglementaire de routine dénombre généralement le groupe des entérocoques intestinaux sans identifier chaque espèce. Un typage complémentaire peut être demandé dans certaines investigations, mais il n’est pas nécessaire pour constater une non-conformité de l’eau potable.

Pourquoi les entérocoques sont-ils utilisés comme indicateurs ?

Rechercher directement tous les agents pathogènes possibles dans chaque échantillon serait techniquement complexe, lent et coûteux. Les autorités utilisent donc des bactéries indicatrices pour vérifier l’intégrité sanitaire de l’eau.

• ils sont présents dans les matières fécales humaines et animales ;
• ils peuvent signaler une voie d’entrée de contamination fécale ;
• ils sont détectables par des méthodes normalisées ;
• ils peuvent compléter les informations apportées par E. coli ;
• ils aident à évaluer la ressource, le traitement et le réseau de distribution.

Leur présence ne permet pas de connaître automatiquement l’origine humaine ou animale de la contamination. Elle ne permet pas non plus d’identifier un virus, un parasite ou une bactérie pathogène précis.

Quelle différence entre les entérocoques intestinaux et E. coli ?

E. coli est généralement considérée comme l’indicateur principal d’une contamination fécale récente. Les entérocoques fournissent une information complémentaire, notamment parce qu’ils peuvent être plus résistants à certains stress environnementaux et persister plus longtemps dans certaines eaux.

Un prélèvement peut être positif en entérocoques et négatif en E. coli. Cela ne permet pas d’ignorer le résultat : les deux paramètres ont chacun une limite de qualité égale à zéro dans 100 mL.

Comment les entérocoques arrivent-ils dans l’eau ?

Ils peuvent rejoindre une ressource ou un réseau lorsque des matières fécales humaines ou animales entrent en contact avec l’eau.

• rejets d’eaux usées ou débordement d’un réseau d’assainissement ;
• fuite d’une fosse septique ou d’un assainissement non collectif ;
• ruissellement sur des pâturages, élevages ou sols souillés ;
• infiltration vers un puits ou une source insuffisamment protégés ;
• inondation d’un captage, d’un réservoir ou d’une tête de puits ;
• défaillance de filtration ou de désinfection ;
• rupture de canalisation, perte de pression ou retour d’eau ;
• intrusion d’animaux dans un stockage ;
• contamination du robinet ou du matériel pendant le prélèvement.

Des entérocoques peuvent aussi être retrouvés dans certains sols, sables, végétaux ou sédiments. Dans une eau potable, leur présence reste néanmoins un signal suffisamment sérieux pour déclencher une investigation sanitaire.

Quelles situations favorisent une contamination ?

Combien de temps les entérocoques peuvent-ils persister ?

Leur survie varie selon la température, l’exposition au soleil, la salinité, l’humidité, les nutriments, les particules et la présence d’autres micro-organismes. Santé Canada rapporte une persistance allant de quelques heures à plusieurs semaines dans l’eau, et parfois plusieurs mois dans des milieux protecteurs comme les sols, les sables ou les amas végétaux.

Dans certaines eaux souterraines, les entérocoques peuvent persister plus longtemps qu’E. coli. Cette caractéristique explique leur intérêt comme indicateur complémentaire lorsque la contamination est intermittente ou ancienne de quelques jours.

Les entérocoques présents dans l’eau provoquent-ils directement une maladie ?

Dans le contrôle de l’eau potable, ils sont avant tout recherchés comme indicateurs. Leur présence signale la possibilité que des agents pathogènes d’origine fécale soient également présents.

Certaines espèces, notamment E. faecalis et E. faecium, peuvent provoquer des infections opportunistes, surtout chez des personnes fragiles ou hospitalisées. Elles peuvent être impliquées dans des infections urinaires, sanguines, abdominales ou cardiaques.

La détection du groupe des entérocoques dans une eau ne prouve cependant pas que la souche est virulente ou responsable d’une infection. Santé Canada indique que la consommation d’eau potable traitée n’a pas été rapportée comme voie d’exposition conduisant à ces infections opportunistes.

Que signifie la résistance aux antibiotiques chez les entérocoques ?

Certaines souches d’Enterococcus faecium ou d’Enterococcus faecalis peuvent être résistantes à plusieurs antibiotiques. Les entérocoques résistants à la vancomycine constituent notamment une préoccupation dans les établissements de santé.

Une analyse réglementaire de l’eau potable selon NF EN ISO 7899-2 ne détermine pas automatiquement la résistance aux antibiotiques, les gènes de résistance ou la virulence. Des analyses spécifiques seraient nécessaires.

Quelle est la limite réglementaire dans l’eau potable ?

La réglementation française et la directive (UE) 2020/2184 fixent une limite de qualité de 0 entérocoque intestinal dans 100 mL d’eau destinée à la consommation humaine.

Tout résultat supérieur à zéro dans 100 mL d’eau potable est non conforme. Les mesures à prendre dépendent du contexte, du nombre observé, des autres paramètres, de l’installation et des populations exposées.

Pourquoi ne faut-il pas appliquer les valeurs des eaux de baignade à l’eau potable ?

Les entérocoques sont également utilisés pour évaluer la qualité des eaux de baignade. Ce cadre accepte des concentrations mesurables et utilise des séries de résultats pour classer les zones de baignade.

Ces valeurs ne sont pas applicables à l’eau de boisson. Pour l’eau potable, la limite française et européenne reste l’absence dans 100 mL. Une eau pouvant être conforme pour un usage récréatif ne serait donc pas nécessairement conforme pour la consommation.

Comment prélever une eau pour rechercher les entérocoques ?

Un prélèvement incorrect peut contaminer artificiellement l’échantillon ou, au contraire, réduire la concentration observée. Le protocole doit être défini avec le laboratoire selon l’objectif de l’analyse.

1. utiliser un flacon stérile fourni par le laboratoire ;
2. choisir un point représentatif de la question étudiée ;
3. retirer les accessoires du robinet lorsque le protocole le prévoit ;
4. nettoyer ou désinfecter le point selon les instructions ;
5. laisser couler l’eau pendant la durée demandée ;
6. ne pas toucher l’intérieur du bouchon ou du flacon ;
7. ne jamais rincer un flacon contenant un neutralisant ;
8. conserver l’échantillon au froid et le transporter rapidement.

Pour une eau chlorée, le flacon contient généralement du thiosulfate de sodium afin de neutraliser le désinfectant pendant le transport.

Comment les entérocoques sont-ils analysés ?

En France, la méthode reconnue pour les eaux destinées à la consommation humaine est la NF EN ISO 7899-2. Elle repose sur une filtration sur membrane, une incubation sur milieu sélectif et une étape de confirmation.

Les méthodes de culture peuvent ne pas détecter certaines cellules devenues viables mais non cultivables. Inversement, une méthode moléculaire peut détecter du matériel génétique sans démontrer qu’une bactérie est capable de former une colonie.

Comment interpréter le résultat ?

Résultat : absence dans 100 mL

Aucun entérocoque intestinal n’a été détecté dans le volume analysé. Le résultat est conforme pour ce paramètre, mais ne garantit pas l’absence de tous les agents pathogènes ni l’absence d’une contamination intermittente.

Résultat : présence dans 100 mL

Le résultat est non conforme pour l’eau potable. Il faut protéger les usagers, examiner les autres paramètres microbiologiques et rechercher l’origine de la contamination.

Entérocoques positifs et E. coli négatif

Cette combinaison reste une non-conformité. Elle peut être liée à une persistance différente, à une contamination faible ou intermittente, au type de ressource ou aux limites propres à chaque méthode.

Que signifie un résultat positif dans une eau brute ou un puits privé ?

Une ressource brute peut contenir des micro-organismes avant traitement. Sa qualité permet de définir les barrières de potabilisation nécessaires. Les méthodes utilisées pour les eaux superficielles et souterraines peuvent différer.

Dans un puits privé utilisé pour boire, la présence d’entérocoques indique une contamination fécale possible. L’eau ne doit pas être consommée tant que l’origine n’a pas été recherchée, que les mesures correctives n’ont pas été réalisées et que de nouveaux contrôles n’ont pas confirmé la conformité.

• inspecter la tête, le tubage et les joints du puits ;
• vérifier les écoulements de surface et la pente du terrain ;
• contrôler la proximité d’un assainissement ou d’un élevage ;
• rechercher les effets d’une pluie intense ou d’une inondation ;
• corriger la cause avant toute désinfection ponctuelle ;
• réaliser une nouvelle analyse après intervention.

Comment le traitement collectif maîtrise-t-il les entérocoques ?

Le traitement repose sur une approche multibarrière adaptée à la qualité de la ressource.

1. Protection du captage : réduire les apports fécaux.
2. Coagulation et clarification : retirer les particules porteuses.
3. Filtration : diminuer les bactéries et la turbidité.
4. Désinfection : inactiver les bactéries restantes.
5. Stockage protégé : éviter une recontamination.
6. Surveillance du réseau : suivre le désinfectant, la pression et les indicateurs.

Santé Canada rapporte que les procédés physiques conventionnels peuvent produire des réductions de l’ordre de 1 à 4 log pour les bactéries indicatrices dans certaines conditions, et que les membranes peuvent atteindre des réductions plus élevées. Ces valeurs ne doivent pas être appliquées automatiquement à une installation particulière sans validation du procédé.

Quels désinfectants sont efficaces ?

Le chlore, les chloramines, le dioxyde de chlore, l’ozone et les ultraviolets peuvent inactiver les entérocoques lorsque la dose, le temps de contact et les conditions hydrauliques sont adaptés.

Une désinfection ne remplace pas la correction d’une canalisation rompue, d’un puits inondé, d’un stockage ouvert ou d’une intrusion permanente.

Quels filtres peuvent retenir les entérocoques ?

Les entérocoques sont des bactéries de taille micrométrique. Des membranes correctement conçues peuvent constituer une barrière physique, à condition que le dispositif soit intact et étanche.

L’ébullition inactive-t-elle les entérocoques ?

Oui. En cas d’avis officiel d’ébullition, il faut suivre exactement les instructions de l’autorité. À défaut d’instruction plus précise, le CDC recommande généralement de porter l’eau claire à gros bouillons pendant au moins une minute, puis de la laisser refroidir dans un récipient propre et fermé.

1. laisser décanter et préfiltrer une eau trouble ;
2. porter l’eau à ébullition franche ;
3. maintenir l’ébullition pendant la durée recommandée ;
4. laisser refroidir sans ajouter de glace non sûre ;
5. conserver l’eau dans un récipient propre et protégé.

L’ébullition inactive les micro-organismes, mais ne retire pas les contaminants chimiques et ne corrige pas la cause de la contamination.

Comment évaluer un dispositif domestique ?

Pour une eau présentant un risque microbiologique, il faut examiner les performances démontrées du dispositif et non son seul matériau.

• identifier le modèle exact et la cartouche testée ;
• vérifier le micro-organisme utilisé pendant l’essai ;
• rechercher le niveau de réduction et la durée du protocole ;
• contrôler le débit et le volume total traités ;
• vérifier l’étanchéité et la taille absolue des pores ;
• respecter les règles de nettoyage et de remplacement ;
• protéger le réservoir et le robinet contre une recontamination.

Comment prévenir une contamination ?

• protéger les captages et les têtes de puits contre le ruissellement ;
• entretenir les installations d’assainissement ;
• sécuriser les réservoirs, évents et trop-pleins ;
• éviter les raccordements croisés et les retours d’eau ;
• désinfecter et contrôler les réseaux après travaux ;
• analyser les puits après une inondation ou une intrusion ;
• maintenir une pression suffisante dans le réseau ;
• entretenir les dispositifs domestiques selon leur notice ;
• ne pas consommer une eau de rivière, de pluie ou de source non contrôlée.

Que faire si des entérocoques sont détectés ?

1. considérer le résultat comme une non-conformité microbiologique ;
2. suivre les consignes du distributeur, de la mairie ou de l’autorité sanitaire ;
3. utiliser une autre eau sûre ou faire bouillir selon les instructions ;
4. ne pas préparer de glaçons, biberons ou aliments avec l’eau restreinte ;
5. rechercher l’origine dans la ressource, le traitement, le stockage et le réseau ;
6. vérifier E. coli, les coliformes et les autres paramètres utiles ;
7. corriger la cause et désinfecter lorsque cela est nécessaire ;
8. réaliser des analyses de contrôle avant la reprise normale des usages.